Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Lagarrigue

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Être autonome dans l’utilisation de R

Contenu de l'enseignement :

Suivi de la formation continue « Initiation à R »

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle des connaissances 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Causeur, S. Lagarrigue

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de permettre aux étudiants de mettre en œuvre, dans des situations concrètes inspirées de l’expérience des intervenants, une démarche standard d'analyse statistique de données génomiques. L'importance d'une interaction forte entre compétences biologiques et statistiques est l'un des messages importants de ce module. 

Contenu de l'enseignement :

Sur le plan méthodologique, les méthodes présentées ont un champ d'application qui dépasse celui de l'analyse de données génomiques ; elles sont utilisées de manière générique pour l'analyse de systèmes complexes observés par des technologies à haut-débit (IRM pour l'imagerie médicale, Spectrométrie Proche Infra-Rouge, ...). 

Programme d’enseignement :

• Introduction aux biotechnologies à haut-débit pour la génomique
• Sélection de gènes (i.e. Quels gènes sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions ?)
• Extraction de modules de gènes co-exprimés (i.e. Quels sont les gènes (ou individus) ayant un profil similaire ?)
• Interprétation biologique des listes de gènes préalablement identifiées (i.e. Quels sont les processus biologiques impactés par les conditions d’intérêt ?)
• Intégration de données génomiques multi-sources

Remarque : si le nombre d’étudiants/es est conséquent, des aménagements pédagogiques pourront être proposés prenant en compte les différences de parcours entre spécialisations à dominante « biologique » (BMC) versus « science de données ».
Une très large place sera donnée à la mise en œuvre d’un mini projet visant à répondre à une
question biologique à partir de l’analyse de données « omiques », Le mini-projet constituera au moins la moitié du volume horaire pour la/les spécialisations à dominante Biologique (SCMV voire autres comme SAED, SPV,…).

Forme pédagogique : cours, TD, projet 

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle des connaissances (1h, sur table) + étude de cas en binôme (rapport 10 pages).