Volume horaire : 24.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Illustrer les interactions entre les grandes fonctions au regard des enjeux scientifiques actuels en production animale (efficience et robustesse des animaux, santé…), en montrant les approches pluridisciplinaires et pluri-échelles menée en biologie intégrative.

Contenu de l'enseignement :

Des conférences par des chercheurs du secteur public ou privé sont proposées, ainsi que des travaux dirigés et des lectures d’articles pour préparer les conférences.

Modalités d'évaluation :

Examen écrit individuel

Volume horaire : 24.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Appréhender les interactions entre les filières de productions animales, le territoire et les systèmes d’élevage en prenant en compte les grands enjeux des productions animales (multi-performances des systèmes d’élevages et de leurs filières au regard des attentes de la société). L’objectif est aussi d’apporter aux étudiants une palette de démarches et de méthodes afin qu’ils développent une analyse systémique, multi-échelles et multi-objets, des systèmes d’élevage dans leur contexte.

Contenu de l'enseignement :

A partir d’un cas concret, les étudiants doivent déterminer et comprendre la nature des interactions entre les stratégies et les contraintes de filières de productions animales, le ou les territoires dans lesquelles elles s’inscrivent et les pratiques d’élevages choisies par les éleveurs. L’idée est de comprendre les évolutions possibles des systèmes d’élevages dans un cadre donné pouvant lui-même évoluer. Pour cela, des travaux dirigés sont prévus, afin de présenter et illustrer des concepts, démarches et méthodes manipulables pour appréhender les interactions entre filières, territoire et systèmes d’élevage), complétés par une visite et une analyse pratique d’une filière de production animale.

Modalités d'évaluation :

Présentation orale de l'analyse du cas d'étude par binôme + QCM

Volume horaire : 84.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Analyse Génétique de Traits Complexe. L’UE7 AGTC a pour objectif l’acquisition de connaissances approfondies et de compétences concernant l’analyse génétique de caractères complexes et la sélection. Ce module apporte le savoir et le savoir-faire nécessaires aux étudiants pour accéder aux métiers concernant l’amélioration génétique des animaux d’élevage : sélectionneur, R et D en entreprise de sélection… ou leur permettant de poursuivre par la réalisation d’un doctorat en génétique quantitative/génomique. Parmi les compétences recherchées, l’étudiant sera capable d’analyser et critiquer un résultat, connaître les différentes approches analytiques, de poser et de résoudre un problème complexe, le tout en lien avec le domaine de la génétique animale.

L’UE7 AGTC comprend 2 UC :

• Analyse génétique de traits complexes (42h – CM : 10h, TP : 32h). Objectifs : expliquer et analyser les notions de déséquilibre de liaison, d’imputation, de détection de QTL…
• A la rencontre de professionnels du phénotypage et de la sélection (24h – visites). Cette UC est commune aux UE AGTC et PBE. Elle vise à appréhender les métiers et missions de professionnels du phénotypage et de la sélection. Elle comprend des visites d’entreprises ou instituts autour des thématiques « Collecte et gestion de la semence (Xia, Gènes Diffusion) », « Contrôle de performances et conseil en élevage (Eilyps) », « Organisation des schémas de sélection et phénotypage fin (Grimaud, Hendrix genetics, IFIP, Nucleus…) », « Labo de génotypages/séquençages (CHU…) ».

Contenu de l'enseignement :

L’UE7 AGTC comprend une partie mapping : analyse du déséquilibre de liaison, imputation, détection de QTL et une partie post-mapping : analyse d’une région d’intérêt par analyse de séquences NGS (détection de variants), annotation des variants, analyse d’expression et expression allélique spécifique). Une large partie du temps est consacrée à la réalisation d’un projet.

Modalités d'évaluation :

Compte rendu écrit individuel et par groupe

Volume horaire : 84.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Projet de biologie expérimentale (PBE). L’UE7 PBE vise à consolider les connaissances de base en physiologie des grandes fonctions (nutrition, reproduction, comportement…).

L’UE7 PBE comprend 2 UC :

• Mise en situation (42h – TD : 10h, TP : 32h). Objectifs : sensibiliser les étudiants aux approches de recherche par une mise en situation. Il s’agit d’un projet de biologie expérimentale, basé sur des travaux pratiques et travaux dirigés autour de la réponse à une question de recherche en physiologie intégrative. Le module est co-organisé par des enseignants-chercheurs et des chercheurs de l’UMR INRAE/INSTITUT AGRO RENNES-ANGERS PEGASE et se déroule en partie dans la ferme expérimentale et les laboratoires de recherche de PEGASE. Les étudiants appréhendent l’approche multi-échelle (de l’expérimentation sur l’animal aux études de l’organe et de la cellule en laboratoire) et multidisciplinaire menée en physiologie, notamment par l’utilisation conjointe de méthodologies en bio-informatique, génétique moléculaire, biologie cellulaire, immunologie, microscopie… Le support et le sujet d’étude varie chaque année.
• A la rencontre de professionnels du phénotypage et de la sélection (24h – visites). Cette UC est commune aux UE AGTC et PBE (voir précédemment).

Contenu de l'enseignement :

L’UE7 PBE est basée sur des travaux pratiques et travaux dirigés autour de la réponse à une question de recherche en physiologie intégrative. Les étudiants appréhendent l’approche multi-échelle (de l’expérimentation sur l’animal aux études de l’organe et de la cellule en laboratoire) et multidisciplinaire menée en physiologie, notamment par l’utilisation conjointe de méthodologies en bio-informatique, génétique moléculaire, biologie cellulaire, immunologie, microscopie…

La partie commune de ces 2 UE (« à la rencontre des professionnels, phénotypes et sélection ») comprend des visites d’entreprises ou instituts Ceci vise mieux faire connaître et faire comprendre les activités et professions autour de ces thématiques.

Modalités d'évaluation :

Présentation collective, examen individuel et compte-rendu collectif

Volume horaire : 84.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Analyse des jeux d'acteurs sur un territoire (AAT) (66h – TD : 10h, TP : 24h, visites : 32h). 

L’UE7 AAT vise à consolider les connaissances autour des systèmes d’élevages en interaction avec leur territoire et au sein d’une ou plusieurs filières. Elle apporte aux étudiants des méthodes d’approche systémique afin d‘appréhender les systèmes d’élevage dans leur contexte. Objectifs: approfondir la compréhension d’un territoire et/ou d’une (de) filière(s) de productions animales en France ou à l’étranger en axant sur l’analyse des jeux d’acteurs entourant le cas d’étude (acteurs politiques, économiques, sociaux et environnementaux).

L’UE7 AAT ne comprend pas d’UC.

Contenu de l'enseignement :

Dans l’UE7 AAT, les étudiants sont en charge de la réalisation d’une analyse prospective sur le devenir et la place d’une (des) filière(s) au sein du territoire défini. Ce module permet également aux étudiants de rencontrer une grande diversité d’acteurs et de professionnels gravitant autour des filières de productions animales. Des travaux pratiques et dirigés autour de l’analyse de jeux d’acteurs en lien avec une problématique à définir sur une ou plusieurs filières de productions animales situées sur un territoire sont réalisés. Ceci est réalisé via des rencontres avec les acteurs concernés, notamment lors de déplacements et visites sur le territoire étudié.

Modalités d'évaluation :

Présentation orale collective et rapport collectif

Volume horaire : 48.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : L.Montagne, Y. Le Cozler

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UE8 s’inscrit dans le domaine de l’adaptation des animaux, des élevages et des systèmes à leur(s) milieu(x). Elle vise à mettre en pratique les démarches présentées dans les UE 6 et 7, afin de répondre à une question donnée ou tester une hypothèse autour des concepts d’adaptation et de robustesse.

Il vise également à sensibiliser et initier les étudiants à la démarche de réponse à un appel à projet de type CAS DAR, ANR…

Différents niveaux d'approche (moléculaire, tissulaire, animal) sont proposés, mais les changements d’échelle et/ou l’intégration de différentes échelles ou disciplines sont au cœur de ce module.

Contenu de l'enseignement :

Ce module est un projet à la fois collectif et personnel, visant en la rédaction d’une réponse à un appel d’offre de type CAS DAR (répondre à une question donnée ou tester une hypothèse autour de ces concepts d’adaptation et de robustesse).

Modalités d'évaluation :

CR projet (1 note collective et 1 note individuelle) + oral (1 note collective)

(Examen écrit individuel)