Agriculture • Alimentation • Environnement

Volume horaire : 59.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : P. Grappin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

• Etre capable de décrire les différentes technologies et leurs applications (horticulture, santé, environnement...) ;
• Etre capable de porter un jugement critique sur les conséquences de l'utilisation de biotechnologies à l'aide des connaissances théoriques et pratiques acquises ;
• Etre capable de restituer des connaissances issues de la recherche dans un contexte appliqué.

Compétences visées :

Réalisation d’un dendrogramme et d’une carte génétique à de marqueurs moléculaires.
Maitrise de la culture et de la régénération de tissus végétaux in vitro
Analyser un article scientifique

Pré-requis :

Génétique, biologie moléculaire, biologie cellulaire, biochimie physiologie

Contenu de l'enseignement :

Les biotechnologies végétales utilisent des méthodes et des outils de la biologie moléculaire, de la biologie cellulaire et d'imagerie. Elles comprennent la génomique, les marqueurs génétiques moléculaires, la transgénèse, la mutagénèse, la culture in vitro de tissus et cellules végétales.

Cours et conférence (20h)
Travail en binôme : analyse d’un article scientifique et réalisation d’un poster (affiche utilisée dans les congrès scientifiques)
TD (12h) et TP (23h) : Marquage génétique et identification variétale, culture d’anthères et de microspores.
Visite d’entreprise et/ou de laboratoire de recherche

Modalités d'évaluation :

Compte-rendu de travaux pratiques, projet

Volume horaire : 44.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Emmanuel Geoffriau

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Etre capable d’analyser une situation d’activités horticoles dans un contexte urbain/périurbain de façon systémique

Etre capable d’identifier les spécificités de l’horticulture périurbaine et de proposer des évolutions permettant de

mieux exploiter les contraintes et opportunités correspondant à une situation périurbaine donnée

Etre capable d’identifier les différents acteurs agissant dans un contexte périurbain et leurs rôles respectifs

Pré-requis :

Connaissance des filières

Techniques de culture en horticulture

Méthodologie système

Contenu de l'enseignement :

Voyage d’études d’une semaine dans une métropole française

Introduction à l’agriculture urbaine

Analyse du maraichage périurbain en France et en Europe

Analyse du cas d’étude du voyage

Analyse du cas d’étude du voyage

Modalités d'évaluation :

Restitution écrite (rapport)

Restitution orale

Volume horaire : 35.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Gilles Galopin & Mickaël Delaire

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquérir une compréhension du fonctionnement intégré de l’arbre afin d’optimiser sa gestion dans différents contexte

Comprendre les spécificités de l’arbre par rapport à une plante herbacée

Appréhender les interactions de l’arbre avec son environnement et leurs conséquences sur son développement et sa croissance.

Acquérir une vision intégrée du fonctionnement de l’arbre afin d’évaluer son fonctionnement sous contraintes abiotiques.

Acquérir des connaissances base sur le fonctionnement de l’arbre afin d’optimiser sa gestion

Pré-requis :

(eco-)physiologie des plantes herbacées

Contenu de l'enseignement :

Introduction à l’UC

Architecture caulinaire

Architecture racinaire

Architecture numérique/Floraison

Cycle de vie de l’arbre

Fonctionnement minéral et azoté de l’arbre

Effet tampon du système racinaire pour l’azote

Fonctionnement hydrique

Principes quantitatifs de la production primaire

Allocation de biomasse dans l’arbre

Interaction CxNxEau dans l’arbre

Biologie hivernale de l’arbre

Fonctionnement intégré de l‘arbre

Projet intégrateur

Modalités d'évaluation :

Rapport écrit + évaluation orale sur mini-projet réalisé par groupe

Volume horaire : 29.50 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Marie-Hélène Macherel, Soulaiman Sakr

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Reconnaître les structures chimiques des principales familles de métabolites secondaires (ou spécialisés).

Acquérir les connaissances fondamentales sur les voies de synthèse de ces métabolites, sur les méthodes permettant leur extraction et analyse.

Comprendre les particularités de ces métabolites, leur connexion avec le métabolisme primaire, leurs fonctions dans la plante.

Appréhender les contraintes des filières produisant et valorisant les métabolites spécialisés (filière PPAM, Agro-alimentaire).

Pouvoir remobiliser des connaissances acquises au niveau L (physiologie végétale, biochimie, génétique, protection des plantes, sciences du sol, techniques horticoles, économie)

Savoir collecter et exploiter des informations et des données afin de les exposer oralement.

Savoir analyser une publication scientifique en anglais.

Travailler en équipe (organisation, distribution du travail)

Etre capable d’évaluer son travail et celui d’autres étudiants

Pré-requis :

chimie organique, biochimie, botanique, physiologie végétale, génétique, techniques de culture, protection des plantes

Contenu de l'enseignement :

Structure, diversité, fonction métabolites spécialisés, production, biotechnologies

Filière PPAM

Exemples projets de recherche, lien avec la chaire Innovation AgroSanté

Caractérisation, dosage métabolites spécialisés

Conférences professionnels

Visites ITEIPMAI, Jardin botanique, labo recherche

Travail en groupe

Aide pour travaux bibliographiques, présentation orale des travaux

Modalités d'évaluation :

Analyse d’une publication scientifique en anglais (présentation orale par groupe, questions des étudiants et du jury)

Examen individuel sur table

Volume horaire : 42.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Jean-Charles MICHEL

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Comprendre l'organisation et le fonctionnement de l'industrie des supports de culture (en France, à l'échelle européenne, à l'échelle mondiale) ;

Comprendre l'importance des supports de culture pour les productions végétales, les raisons de s'impliquer avec les producteurs dans le choix du meilleur substrat adapté à leur utilisation, envisager les conséquences des évolutions à venir ;

Identifier et relever les challenges et défis pour maintenir et renforcer la compétitivité à court, moyen et long terme de l'industrie des supports de culture ;

Faire connaître les différents métiers offerts par cette filière ;

Avoir connaissance des principaux axes de recherche et de R&D développés par les acteurs académiques et industriels de la filière Supports de culture ;

Comprendre les compositions de supports de culture proposées par les fabricants en fonction des productions et des utilisateurs (professionnels / grand public) ; savoir mesurer et analyser leurs qualités agronomiques.

Pré-requis :

Base de science du sol (propriétés physiques et chimiques des sols).

Agronomie des cultures hors sol (EC Horticulture en Environnement Contrôlé)

Contenu de l'enseignement :

L’Industrie des supports de culture : organisation & fonctionnement :

Aspects économiques, sociétaux, et réglementaires. Canaux de commercialisation et de distribution pour les marchés professionnel & amateur. Conseil aux producteurs et autres utilisateurs. Emplois offerts par cette industrie.

L’Industrie des supports de culture : aspects techniques, commerciaux & environnementaux :

- Visites d’entreprises de fabrication de supports de culture (possiblement sites d’extraction de tourbe et de restauration de tourbières) ;

- Discussions sur les stratégies des entreprises : politiques environnementales (utilisation de la tourbe et alternatives), gestion de la qualité, stratégie et besoins en matière de R&D, stratégie commerciale (marché professionnel et amateur) ;

- Visite(s) de producteur(s) pour comprendre les relations entre producteurs & fournisseurs de supports de culture (conseil) ;

- Discussions sur les stratégies de la distribution grand public

La recherche académique sur les supports de culture : principaux axes, travaux développés au sein d’EPHor, quelques exemples de travaux de recherche chez des partenaires académiques d’Europe / Amérique Nord

Analyse au laboratoire des propriétés de supports de culture innovants

Modalités d'évaluation :

Travaux de groupe / Réflexion critique & prospective sur la filière (thèmes présentés au début du module d’enseignement)

Travaux de groupe / Analyse critique des propriétés des supports de culture innovants étudiés en TP

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Explorer des nouveautés de la recherche dans le domaine des biotechnologies végétales et plus largement des sciences de l’ingénieurs.

Capacité à valoriser ces connaissances par une démarche créative de projet d’innovation adaptée à une problématique sociétale (méthode pour adresser une problématique, trouver la connaissance et construire un projet innovant valorisable économiquement).

Acquérir la démarche d’ingénieur du vivant l’interface des UE d’enseignement des biotechnologies et de formation à l’entreprenariat.

Objectif : Approfondir et mobiliser les connaissances scientifiques, la capacité à exploiter la littérature scientifique et s’approprier une démarche introspective à valoriser les découvertes scientifiques par des projets d’innovation.

Un cadre thématique, comme par exemple l’énergie ou la biodiversité ou les ressources en eau, ou la production durables etc… sera choisi comme point de départ de la démarche projet et peut varier d’une année sur l’autre.

Pré-requis :

Connaissance de la Physiologie et de la Biodiversité végétale, des outils de la Génétique et des Biotechnologies.

Capacité à analyser la littérature scientifique.

Contenu de l'enseignement :

Introduction à la démarche d’innovation chez d’ingénieur et positionnement d’une problématique de départ

Stratégie et protection industrielle en lien avec l’innovation

Démarche prospective et veille scientifique

Démarche prospective et veille scientifique

Success-story d’un jeune entrepreneur et débat

Méthode de développement d’un projet innovant

Démarche de créativité et de structuration d’un projet

Methode de Business Plan

Projet (Recherche Biblio / choix innovation / Brief du projet)

Débrief sur le proposition de projet

Mise en situation de demande de financement

Modalités d'évaluation :

Présentation orale et rapport par groupe sur la présentation de leur projet d’innovation

Bibliographie :

Ensemble de support d’illustration et de formation à l’innovation :

https://www.youtube.com/LesMardisDeLInnovation 

https://vimeo.com/user5725972

Démarche d’exploration de recherche bibliographique sur des problématiques associées aux projet (renouvelées chaque année) avec les outils de recherche sur le net tels que  https://scholar.google.fr/schhp?hl=fr

Volume horaire : 31.50 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A. Salat; V. Le Clerc

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Découvrir la filière Agriculture Biologique, son fonctionnement et ses enjeux.

Découvrir le fonctionnement d’un cahier des charges, et ses conséquences en production.

Animer une table ronde.

Contenu de l'enseignement :

Introduction de la semaine et du travail

Validation des sujets

Présentation de la production en agriculture biologique (cahier des charges)

Intervenants sur la filière AB

L’expérimentation en AB

La production en AB

Les enjeux de l’AB

ETD pour travailler le rendu

Modalités d'évaluation :

Article de vulgarisation avec :

-partie collective

-partie individuelle

Table ronde

Enseignant(s) responsable(s) : D. Rousselière; T. Coisnon

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Face aux crises sanitaires, environnementales et économiques, les démarches des organisations collectives visent notamment à développer et améliorer la résilience des territoires et de leurs acteurs. Cette UC au choix a pour objectif de se saisir de cet enjeu et de développer l’expertise des étudiant.es, à travers une meilleure compréhension des innovations sociales et de la construction d’un projet entrepreneurial alternatif.

Le champ d’application de cette approche se fera autour de filières horticoles émergentes (houblon, thé, orge brassicole…) dont l’essor récent reflète la volonté des acteurs d’un territoire de s’organiser en dehors des circuits conventionnels et s’inscrit en cohérence d’une volonté de la population de s’orienter vers une consommation durable caractérisée par une dimension locale, de qualité et respectueuse de l’environnement.

Objectifs d’apprentissage visés :

• Caractériser les étapes successives de la création d’une entreprise alternative et solidaire.

• Comprendre comment elle s’articule avec les demandes des différentes parties prenantes (collectivités, salariés, consommateurs, travailleurs, bénévoles…), à l’échelle de la filière et dans un territoire donné.

• Analyser et diagnostiquer les limites de ces initiatives et proposer des solutions.

• Mener des entretiens, adopter une démarche analytique et comparative à partir de cas d’étude réels.

Pré-requis :

Apports fondamentaux en économie générale, analyse économique des filières, économie territoriale (L2/L3) ; Introduction à l’économie circulaire et à l’économie sociale et solidaire (M1H)

Contenu de l'enseignement :

Apports fondamentaux: Concepts et enjeux des modèles économiques alternatifs Eléments agronomiques et techniques relatifs à la filière retenue

Visites et cas d’étude: Entretiens et visites d’entreprises en lien avec la filière émergente retenue (producteurs, distributeurs, transformateurs…)

Etude demandée: A la lumière des visites et apports fondamentaux et en fonction de la filière étudiée : mise au point d’un plan de création d’une coopérative d’intérêt collectif, identification de l’utilité sociale, compréhension de l’articulation de la structure dans la filière et le territoire

Modalités d'évaluation :

Restitution du travail de la semaine, discussion et mise en perspective dans un format adapté à la filière étudiée (simulation d’une présentation d’un plan de création de coopérative devant un jury professionnel, reportage, podcast, rapport écrit).

Enseignant(s) responsable(s) : G. Buck-Sorlin

Langue d'enseignement : Anglais

Objectifs :

• Comprendre le rôle et l’interaction des processus écophysiologiques dans des cultures 
• Bases de la modélisation des cultures
• Modéliser les processus éco-physiologiques, avec cas d’application en arboriculture fruitière.

Compétences visées :

Avoir un aperçu de la formalisation des processus physiologiques
Savoir quand et comment appliquer des modèles de cultures
Etre capable d’utiliser et modifier des modèles simples de cultures

Pré-requis :

Connaissances de bases en physiologie, système de culture

Contenu de l'enseignement :

Fruit Virtuel

Analyse d’articles

Modélisation Mangue

Modélisation Pêche

Modèle conceptuel (2 échelles)

Travail sur les livrables

Modalités d'évaluation :

2 modèles conceptuels (TD), accompagnés d’un pseudocode.

Volume horaire : 48.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : B. Jaloux

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est d’illustrer, en amenant les étudiants à expérimenter par eux mêmes, comment la science étudie un groupe d’insectes d’intérêt agronomique et comment des travaux de recherche peuvent contribuer à la conception de nouvelles stratégies de protection des plantes. Cette UC vise également à élargir l’horizon et exercer l’esprit scientifique en montrant comment la biologie originale des pucerons permet d’aborder des questions de recherche fondamentales sur la reproduction, l’évolution, les symbioses ou encore les interactions tritrophiques plantes-phytophages-prédateurs.

Compétences visées :
•    Comprendre et critiquer une démarche de recherche
•    Concevoir un protocole, expérimenter, acquérir et analyser des données, les interpréter
•    Savoir appliquer les méthodes de détermination des principales espèces de pucerons
•    S’initier à des techniques d’étude du comportement animal
•    Comprendre l’organisation de la recherche
•    Savoir se comporter dans un laboratoire

Contenu de l'enseignement :

Cours :

• Biologie, morphologie et systématique des pucerons (P. Robert - 4h)
• Les ennemis naturels des pucerons (B. Jaloux - 1h)

Travaux pratiques (TP) :

• Identification des pucerons (C. Buchard - 2h)
• Electropénétrographie (P. Robert - 2h)
• Olfactométrie (S. Anton - 2h)
• Estimation du parasitisme par les hyménoptères parasitoïdes de pucerons (B. Jaloux - 2h)

Enseignement dirigé (ED) :

• Exploitation des données acquises en TP (2h)

Travaux dirigés (TD) :

• Dynamique des populations de pucerons et ennemis naturels. (Y. Tricault - 3h)
• Exploitation des données d’électropénétrographie et d’olfactométrie (2h)

Conférences :

• Puceron et recherche fondamentale. (Intervenant INRAE Rennes - 3h)
• Doctorant UMR IGEPP ou UMR IRHS (1h)

Modalités d'évaluation :

Compte rendu d’analyse d’expérience et de données

Volume horaire : 22.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : R. Gardet, P. Cannavo, J. Le Corff

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Pré-requis :

Cours d'agronomie et de protection des plantes Niveau Licence

Contenu de l'enseignement :

Présentation des systèmes à évaluer et des outils d’évaluation 

Travaux en groupes sous forme de projet

Modalités d'évaluation :

Restitution orale et compte-rendu écrit du travail en groupe

Bibliographie :

Données fournies par le domaine pédagogique et expérimental, Outils d’évaluation (EC MIRAD)

Volume horaire : 55.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : O. Leprince

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de présenter les différentes approches moléculaires permettant l’étude et la caractérisation des plantes et de mieux comprendre son développement à l’échelle du gène et la molécule.

Compétences visées:
-  être capable de concevoir et réaliser une expérience en se basant sur des approches moléculaires pour comprendre le développement de la plante
 - Savoir réaliser une analyse bioinformatique de base et une synthèse bibliographique
- Savoir remobiliser les connaissances sur la physiologie du développement à l’échelle moléculaire et les intégrer dans une problématique liée au végétal spécialisé

Pré-requis :

Physiologie végétale, génétique, biologie moléculaire

Contenu de l'enseignement :

Les cours consistent à présenter les outils de la physiologie moléculaire ((bioinformatique, génomique fonctionnelle, théorie des réseaux, en complément de l’UE Biotechnologie) et ensuite à montrer des exemples illustrant comment ces outils ont permis des avancées majeures dans la compréhension du développement de la plante.

Les thèmes abordés sont :

• les phénomènes épigénétiques et les microARN dans le développement de la feuille,
• la régulation de la floraison depuis Arabidopsis jusqu’au rosier,
• l’histoire de la découverte des voies de signalisation des gibbérellines,
• divers dialogues moléculaires contrôlant les apports nutritifs, 
• le développement de divers organes (méristèmes, graines, fruits).

Ces cours s’articulent autour de TD et TP où l’étudiant(e) analysera la réponse moléculaire d’une graine ou plante en se familiarisant avec l’ensemble des techniques de biologie moléculaire in silico et in vivo.

Modalités d'évaluation :

Évaluation sur table : 1h, compte-rendu de TP, savoir-être en laboratoire

Volume horaire : 32.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : P. Cannavo, R. Guenon

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Identifier un problème de fertilité des sols sur un site d’étude.
Déterminer les données à récolter pour proposer une solution au problème.
Observer le sol et dégager les grands traits de son fonctionnement.
Interpréter des analyses de sol.
Proposer des solutions à l'exploitant pour améliorer la fertilité des sols, en fonction d’un cahier des charges (Agriculture Biologique, Norme « support de plantation », …)

Contenu de l'enseignement :

L'UC a pour objectif de mettre en œuvre une démarche de diagnostic, d'analyse et de conseil concernant la fertilité des sols d’un site d’étude (production horticole, aménagement paysager, …).

Cours de remobilisation sur l'analyse de sol (2h).
Travaux pratiques d’observation de terrain, prélèvement d’échantillons, mesures sur place (8h).
Travaux pratiques en laboratoire pour analyser quelques paramètres simples (propriétés physico-chimiques et biologiques du sol) (8h).
Travaux pratiques d'interprétation des analyses de sols (4h).
Travaux personnels de groupe pour rédiger un commentaire de l'analyse de sols et faire des préconisations (8h)
Restitution orale (2h)

Modalités d'évaluation :

Evaluation par groupe :

• Rapport de quelques pages commentant les analyses réalisées et proposant des solutions pour améliorer la fertilité.
• Présentation orale du travail réalisé.

Volume horaire : 24.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Julie Bourbeillon

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L'agriculture numérique, fait référence à l'utilisation de technologies avancées, en général informatisées pour améliorer l'efficacité, la productivité et la durabilité des pratiques agricoles. Elle intègre diverses technologies telles que l'Internet des objets (IoT), les drones, l'intelligence artificielle (IA), les systèmes d'information géographique (SIG), et les capteurs pour collecter et analyser des données agricoles.

L’objectif de ce module est d’apporter une initiation à cette thématique dans sa déclinaison pour le domaine horticole et en particulier les cultures en environnement contrôlé (en serre). Cette initiation passera par un panorama des méthodes (automatisation, robotisation, etc.) mobilisés pour optimiser la production ainsi que des applications techniques déployées dans la filière. Un projet en petit groupe permettra une mise en œuvre pratique pour aborder l’horticulture numérique selon une de ses méthodes (analyse de données, analyse d’image, programmation d’automate ou de robot, modélisation infographique, etc.) et applications (gestion de l’irrigation et des intrants, PBI, surveillance des cultures, contrôle de l’environnement, de la production etc.).

Pré-requis :

Programmation, plans d’expérience, analyse de données, outils pour le phénotypage (analyse d’images), modélisation, production en milieu contrôlé, ITK

Contenu de l'enseignement :

Panorama des méthodes et applications de l’horticulture numérique.

 ● Structuration d’un système de production (organisation hiérarchique, Système d’Acquisition de Mesures, traçabilité, …)

● Constituant d’un système de production (constituants, robotique élémentaire, …)

● Mise en œuvre d’un système de production robotisé (éléments de programmation, analyse et structuration) 

Introduction des projets

Projet de groupe – Sujets différents selon les années

Restitution orale des projets et mutualisation

Modalités d'évaluation :

Livrables du projet

Restitution orale

Volume horaire : 23.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : M. Delaire, F. Pantin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Comprendre les enjeux et l’organisation de deux filières

Appréhender les liens entre la production fruitière et la transformation

Expliciter les enjeux liés au changement climatique pour ces productions

Mobiliser des leviers (pratiques culturales, variabilité génétique) pour répondre aux enjeux

Découvrir certaines technologies de transformation

Pré-requis :

Écophysiologie, génétique, ITK, système de culture

Contenu de l'enseignement :

Introduction : viticulture et cidriculture, enjeux

ITK et impact des conditions de production sur la qualité des produits finis (lien amont-aval)

Vigne et changement climatique (température, sécheresse, WUE)

Matériel végétal en cidriculture (pédigrés, caractères d’intérêt, ressources génétiques, …)

Filières : aspects socio-économiques

Analyse impact changement climatiques sur la qualité des cidres

Technologie de la transformation (cidre)

Visite IFV Montreuil-Bellay : essais systèmes + conservatoire Chenin, initiation à la dégustation + démo e-terroir

Visite d’un viticulteur diversifié (baie de goji)

Modalités d'évaluation :

Rapport écrit à réaliser au cours de la semaine