Agriculture • Alimentation • Environnement

Volume horaire : 29.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Vanessa Soufflet-Freslon & Mickaël Delaire

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Observer et consigner les composantes d’une situation

Mener un débat contradictoire sans faute de procédure dans le cadre d’un litige

Analyser une activité d’entreprise de façon systémique

Identifier, analyser et hiérarchiser des risques d’accidents culturaux et post-culturaux

Chiffrer les dommages financiers d’un accident cultural ou post-cultural

Proposer des choix d’assurance cohérents

Pré-requis :

Approche système (système de culture) et conception d’un ITK et bases de la physiologie des plantes.

Contenu de l'enseignement :

Introduction de l’EC

L’assurance : outil de gestion des risques en agriculture

Description consignation

L’expertise judiciaire

Étude d’un cas de litige en horticulture ornementale

Étude d’un cas de litige en arboriculture fruitière

Jeu de rôles sur un cas de litige

Visite du tribunal et entretien avec le/a président/e

Initiation au diagnostic

Visite du laboratoire Phytodiagnostic Végépolys Valley

Visite Unité BVO Anses

Dossier expertise

Modalités d'évaluation :

Rapport écrit sur mini-projet réalisé en groupe

Jeux de rôles sur mini-projet réalisé en groupe

Ecrit individuel (dont analyse d’un dossier d’expertise)

Volume horaire : 43.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : O. Leprince

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

-  Etre capable de concevoir une expérience en se basant sur des approches moléculaires pour comprendre le comportement de la graine

 - Savoir utiliser et fouiller les bases de données génomiques pour comprendre la fonction d’un gène

 - Comprendre les spécificités biologiques des graines/semences et comment elles répondent aux problématiques de transitions agro-écologiques et changement climatique

Pré-requis :

Physiologie végétale

Génétique, Biotechnologie, Biodiversité

Contenu de l'enseignement :

- Introduction générale : Biologie et enjeux

- Développement des graines

- Tolérance à la dessiccation : le paradigme de l’état sec

- Mécanismes de germination et dormance

- Cycles de dormance et gestion des adventices

- Thermomorphogenèse

- Mécanismes de levée et analyse

-Amélioration des semences par la technologie

-Ressources génomiques appliquées à la biologie des graines

-Embryogenèse somatique

-Réponse de la graine à l’environnement

Modalités d'évaluation :

Compte-rendus TP

Evaluation sur table

Enseignant(s) responsable(s) : Marie-Hélène Macherel et Soulaiman SAKR

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Connaitre les mécanismes généraux de la perception et des réponses de la plante aux contraintes abiotiques à différentes échelles (cellules, tissues, plante entière) pour raisonner le développement du végétal horticole et paysager dans un contexte de durabilité et de changements climatiques.

Concevoir et réaliser un protocole expérimental.  Analyser et interpréter des résultats expérimentaux. Savoir synthétiser et présenter oralement en anglais.

Pré-requis :

Fonctionnement de l’organisme 1 et 2 (L1)

Ingénierie des molécules du vivant (L2), Nutrition de la plante (L2), Développement et reproduction végétale (L2)

Bases de la diversité génétique (L2)

Le végétal face au changement climatique (L3), Nutrition minérale et agroécologie (L3), Connaître et agir sur le développement du végétal (L3)

Contenu de l'enseignement :

Réponses adaptatives de la plante (morphologique, cellulaire et moléculaire) aux différents stress abiotiques : froid, chaleur, stress salin et excès de lumière, stress hydrique 

Plant response to multistress: combination   biotic and abiotic stress

Plant resistance under climate changes: elevated CO2 concentration

'Abiotic stress and biostimulants 

Stress abiotique et régulation épigénétique

Conférence professionnel

Expérimentation

Modalités d'évaluation :

Présentation orale des résultats de l’expérimentation et questions

Volume horaire : 42.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Nicolas CHEN et Benjamin CARBONNE

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Le but de ce module est d'analyser la diversité microbienne (microbiote) de la phyllosphère et la diversité de la mésofaune du sol, sur des parcelles présentant différents modes de gestion (ex : bio vs. conventionnel), afin d’évaluer l’impact de ces modes de gestion sur la biodiversité taxonomique et fonctionnelle.

Nous avons notamment choisi de faire un focus important sur le microbiote et la mésofaune du sol, qui sont des sujets non traités par ailleurs dans la formation. Ce module sera l’occasion d’aborder la biodiversité par une approche fonctionnelle, et de faire le lien avec la fourniture de services écosystémiques (ex : relation entre la diversité de la mésofaune du sol et la décomposition de la matière organique).

En raison de l’importante part de biologie moléculaire en laboratoire et analyses bioinformatiques, ce module sera limité en nombre d’étudiants, en privilégiant ceux ayant un projet professionnel orienté vers la recherche (doctorat notamment).

La première semaine sera consacrée à la récolte des échantillons, à l’analyse de la mésofaune du sol, et à la préparation des banques de méta-barcoding sur feuilles. Les échantillons seront séquencés au plateau ANAN de l’IRHS pendant le week-end. La deuxième semaine sera consacrée à l’analyse bioinformatique des résultats, à leur interprétation, et à l’évaluation. Des cours théoriques sur l’analyse de la diversité microbienne seront également dispensés.

Pré-requis :

Biologie générale, bases de chimie et microbiologie de niveau prépa ou L1/L2

Contenu de l'enseignement :

Introduction du module

Réflexion et mise en place d’un dispositif d’échantillonnage et de piégeage pour le suivi.

Collecte de feuilles pour le microbiote et pose de pièges pour la mésofaune du sol

Préparation des banques de méta-barcoding pour séquençage

Traitement et analyse des données de métabarcoding

Collecte et identification des échantillons de mésofaune du sol

Analyse des données et interprétation des résultats (partie mésofaune du sol)

Mise en commun de résultats, discussion sur l’interprétation des résultats et préparation du compte-rendu

Rédaction d’un article scientifique

Modalités d'évaluation :

Rapport scientifique en groupe

Reconnaissance de la mésofaune du sol sur échantillon

Bibliographie :

Clés de détermination pour la mésofaune du sol

Plateau ANAN de l’IRHS pour le séquençage du microbiote

Matériel et solutions de biologie moléculaire pour la préparation des banques de métabarcoding

Banques de données de métabarcoding

Salle bioinformatique pour l’analyse de résultats

Supports de présentation

Volume horaire : 56.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Philippe Grappin & Damien Rousselière

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’ambition pédagogique de cette UC est de doter les étudiant.es de connaissances et d’outils d’analyse leur permettant d’appréhender les enjeux de la création entrepreneuriales ainsi que les modalités d’une gestion responsable de l’activité économique

Les étudiant.es seront formé.es aux démarches entrepreneuriales de management de l’innovation, de développement et de valorisation de nouveaux produits.

L’UC s’appuiera sur des projets de création d’entreprises proposés par les étudiants. Elle sera composé d’une semaine en création sous forme d’un Hackathon de l’innovation avec l’appui de Solutions & Co, Agence de développement économique de la région Pays

Et d’une semaine sur les dimensions socioéconomiques et managériales avec l’appui de la Chaire de Leadership en enseignement sur l’engagement social (Université Laval, Canada)

Pré-requis :

Apports fondamentaux en économie générale, analyse économique des filières, économie territoriale (L2/L3)

M1 Introduction à l’ESS et l’économie circulaire

Contenu de l'enseignement :

Management de l’innovation

Entrepreneuriat

Business Plan

Analyse financière

Management responsable

Suivi de projet

Etude demandée

Modalités d'évaluation :

Projet de création d’entreprise

Document intermédiaire à rendre aux enseignants.

Oral Final

Bibliographie :

Ouvrages disponibles sur scholarvox

Audebrand, L. K. (2018). Le management responsable: une approche axiologique. Presses de l'Université Laval.

Léger-Jarniou, C., Certhoux, G., Degeorge, J. M., Lameta, N., & Le Goff, H. (2016). Entrepreneuriat. Dunod.

Volume horaire : 67.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Guenaëlle Hellou & Emmanuel Geoffriau

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Représentation conceptuelle de systèmes de culture en horticulture

Comparaison d’approches systèmes selon la filière

Compréhension de règles et d’outils d’aide à la décision

Mise en œuvre des méthodes de conception de systèmes de culture agroécologiques

Décrire les logiques d’actions du pilotage d’un système agroécologique

Analyser les déterminants des décisions des agriculteurs en tenant compte de plusieurs échelles

Pré-requis :

Connaissance des filières

Techniques de culture en horticulture

Connaissance d’itinéraires techniques culturaux

UC Méthodologie et usages de l'approche système : application aux systèmes de culture

Contenu de l'enseignement :

Enjeux actuels et innovations d’approches en agronomie système

Les différents leviers en analyse systèmes

L'interdisciplinarité pour concevoir et piloter des systèmes horticoles agroécologiques

Approche historique et  diversité des concepts de l’agroécologie

Ecological processes at play in agroecological systems in horticulture

Pratique de jeu sérieux pour hiérarchiser les processus de régulations naturels et induits en verger maraicher

Systèmes de culture innovants en zones tropicales et subtropicales et démarches participatives  (méthode DISCS et OAD Phyto’Aide)

Traque aux systèmes agroécologiques (analyse de système agroécologique en horitculture)

Outils d’aide à la décision

Analyse de la construction et du fonctionnement d’OAD

Méthodes de conception de systèmes de culture

Combiner les approches : modélisation, expérimlentation système, ateliers participatifs

Innovation systèmes pour l’agroécologie

Principes et intérêt de la modélisation pour la conception de systèmes

Gestion adaptative de systèmes complexes

Atelier de conception (méthode de conception, participatif, co-construction, dynamique de groupe, approche réflexive..)

Visite d’expérimentations systèmes

Modalités d'évaluation :

Analyse d’un système agroécologique (individuel)

Mise en œuvre réussie de l’atelier de conception

Volume horaire : 24.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Emmanuel Geoffriau et Annie Salat

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Identifier les caractéristiques d’un pays en développement et des zones (sub)tropicales,

Comprendre les enjeux et défis de l’horticulture dans ces pays,

Comprendre les freins et les menaces au développement de l’horticulture dans ces pays,

Analyser les pratiques culturales et leur évolution en fonction du contexte économique, social et du changement climatique.

Pré-requis :

Diversité des espèces et systèmes horticoles

Connaissance des filières de l’horticulture

Contenu de l'enseignement :

Enjeux de l’horticulture des pays en développement : structures des filières et du développement, axes de développement, indicateurs économiques, sociaux, …

Certification Commerce équitable

Impact de la gestion de l'azote dans les cultures de café au Costa Rica

Ethnobotanie

Intérêt des cultures d’exportation

Intérêts des ressources génétiques (ex du bananier) pour maintenir l’accès à l’alimentation et/ou facteur de développement

Les agrumes, de la production à la conservation post récolte

Les enjeux de la sélection et de la production de semences dans les pays du Sud

L’agriculture urbaine dans les zones tropicales et subtropicales

Potentialités d’entrepreneuriat

Modes de gestion des ressources (eau, …) et adaptation des systèmes en zones arides

Modalités d'évaluation :

Poster sur un sujet choisi par les étudiants

Table ronde

Volume horaire : 20.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Pierre-Emmanuel Bournet

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’eau intervient à plusieurs niveaux en horticulture et paysage : du captage au rejet en passant par l’arrosage. Mais dans une vision plus globale, elle s’inscrit dans un cycle et doit aujourd’hui être gérée avec d’autant plus d’attention que les ressources ne sont pas inépuisables.

L’UC au choix vise à :

-situer l’eau dans un contexte législatif et dans une problématique internationale,

-permettre aux étudiants de développer une approche plus approfondie sur les usages de l’eau dans le milieu agricole,

-appréhender les techniques opérationnelles utilisées en irrigation.

L’approche poursuivie est pragmatique et illustrée par des cas concrets.

Elle complète le cours d'hydraulique de l'année précédente en offrant une vision plus vaste et plus globale des problématiques liées à l'eau.

Méthodes d’apprentissage :

Des enseignements de base (50%) complétés par une étude pratique (irrigation localisée) et une visite (station d’exhaure des Ponts de Cé),

Cet enseignement est prolongé par un projet d’application (6h études demandées) suivi de 2h de présentation inscrites à l'emploi du temps.

Pré-requis :

Cours d'hydraulique générale (drainage, irrigation…).

Contenu de l'enseignement :

Introduction générale

Législation et politique

Fonctionnement écologique des hydrosystèmes de surface

Pollution de l’eau, normes, qualité

Cours irrigation localisée

TD Irrigation

Pilotage irrigation

Visite station exhaure Ponts de Cé

Restitution travaux

Projet bibliographique

Modalités d'évaluation :

Mini-projet en groupe : Approfondissement d’une problématique liée à l’eau (rédaction d’une synthèse et présentation orale)

+ TD d'irrigation localisée.

Volume horaire : 22.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : Angelina El Ghaziri

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’étude de l’évolution d’une maladie, de la croissance d’une plante, du suivi climatique, ou encore de l’expansion du nombre d’insectes, repose sur l’analyse de données temporelles. Ces observations, réalisées sur un même objet au fil du temps, ne respectent pas le postulat d’indépendance des observations des modèles linéaires classiques abordés jusqu’à présent.

Ce module a deux objectifs principaux :

Traitement des mesures répétées dans le temps : dans ce cas, les données consistent en des mesures discrètes effectuées à différents instants. Plusieurs modèles adaptés à ce type de données seront présentés, accompagnés d’exemples d’application.

Traitement des séries temporelles : ici, les données sont continues dans le temps, comme par exemple des relevés climatiques issus de stations météorologiques. Une introduction aux modèles spécifiques aux séries temporelles sera proposée, avec des exemples pratiques d’application.

Pré-requis :

Utilisation de R

Contenu de l'enseignement :

Introduction aux séries temporelles

Exemples d’applications de séries temporelles

Anova sur mesures répétées, modèle de Friedman

Exemples d’applications

Exemples d’applications

Projets basés sur des données issues de deux stages d’étudiants (été 2024)

Bibliographie :

Un cours sur moodle

Yves Aragon (2016), Séries Temporelles Avec R,  EDP sciences