UC obligatoires
Enseignant(s) responsable(s) : Y. Le Cozler, C. Disenhaus
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
- Préparer et valider un questionnaire d'enquêtes, adapté au sujet proposé et au public visé ;
- Réaliser un questionnaire d'enquêtes, mener un entretien, repérer les imprécisions, recueillir des données qualitatives et quantitatives fiables ;
- Préparer un fichier d'analyses, savoir décider de l'importance des imprécisions, décider si la donnée est considérée comme manquante ou si elle est interprétée ;
- Réaliser une typologie, repérer les variables d'intérêt pour cela, connaître et appliquer la démarche permettant d'aboutir à une typologie pertinente selon le sujet traité ;
- Mobiliser les connaissances statistiques nécessaires et interpréter les sorties ;
- Croiser la typologie avec la thématique de travail proposée ;
- Présenter et diffuser ses résultats sous différentes formes
Contenu de l'enseignement :
Le sujet et la thématique de travail varient en fonction des commanditaires. Les études s’inscrivent dans le cadre de projets de recherches et développement, d’études internes à certaines structures ou réalisées à la demande des EC de l’UP SPA.
Les 3 dernières années, les sujets ont porté sur :
- Janvier 2018 (Y Le Cozler & A Michaud) : « les Veaux sous la mère » (présentations ISNH, EAAP et 3R 2018) (depuis rentrée 2017, activité en janvier) ;
- Automne 2016 (C Depoudent, CRAB, pour le CASDAR Air-Eleveurs) : La santé des personnes en élevages porcins et avicoles (publications en cours) ;
- Automne 2015 (ML Grannec & C Calvar, CRAB) : « la perception du salariat en élevages porcins par les jeunes en formation technique » (présenté par les étudiants au colloque RMT Travail à Dijon novembre 2015 ; publications presse technique (juillet 2016) et Journées de la Recherche Porcine en France 2017).
Les commanditaires ont participé à la mise en place de l’étude (fourniture de fichiers d’enquêtés par ex, prise de rendez-vous en amont de l’étude), la réalisation du travail (présence pendant la création et validation du questionnaire, lors de l’analyse de données, aide à l’écriture des articles…) et sont présents lors de la restitution (publique en général, avec présence des enquêtés, groupe de travail à l’origine de l’étude…).
Modalités d'évaluation :
Le travail des étudiants est un travail de groupe et collectif. La notation est donc globale, mais les responsables peuvent moduler la note finale individuellement, allant jusqu'à la non-validation pour certains élèves en cas de manquement important et manifeste au travail de groupe. La note finale prend en compte l'implication, la qualité du travail et la restitution. Cette notation prend en compte les avis et remarques des commanditaires.
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : Y. Le Cozler
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
- Faire connaître et utiliser les outils permettant une meilleure maîtrise des risques de pollution liés aux élevages ;
- Reconnaître l'importance du bâtiment dans le fonctionnement d'un élevage (conditions de travail, bien-être des animaux...), depuis sa conception jusqu'à son utilisation quotidienne ;
- Connaître les fortes interactions qui existent entre les équipements d'élevage et l'environnement.
Contenu de l'enseignement :
Cette UC est organisée sous la forme de cours/conférences/travaux dirigés et de visites en exploitations, stations expérimentales et/ou commerciales. Celles-ci appartiennent (suivant les dispositions et possibilités) à l‘INRAE, au réseau des Chambres d’agriculture de Bretagne et/ou des acteurs de filières (Aveltis). Elles illustrent concrètement les différents aspects abordés au cours de ce module et lors de la formation sur le plan de la gestion environnementale (plan de fumure prévisionnel, plan de fertilisation, gestion des cultures, échantillonnage de lisier, fumier, traitement eaux blanches / eaux vertes, …). Elles servent aussi à illustrer les moyens disponibles ou en cours de développement concernant la réduction des émissions d’effluents par les élevages, notamment porcins. Enfin, l’approche intégrée au niveau des filières de production est réalisée lors de visites au sein du groupe Triskalia et de la coopérative Aveltis. Les visites permettent également de visualiser et comprendre les notions abordées lors de la présentation des bâtiments d’élevage (ventilation, chauffage… d’un point de vue technique, mais aussi, ergonomie, conditions de travail…). Le module s’achève par la présentation et l’utilisation d’un « serious game » (simulation d’atelier porcin en 3D ; ENGELE).
Modalités d'évaluation :
Les connaissances acquises lors de cette UC sont évaluées individuellement, au travers d'un examen écrit d'1 heure. L'évaluation porte sur la capacité des étudiants :
- A intégrer et synthétiser les différentes connaissances sur les enjeux environnementaux, les bâtiments et les outils disponibles ;
- A rédiger un message clair et concis.
UC au choix
1 UC à choisir parmi 2
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : E. Le Cadre
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
This module presents the ecological principles unifying above and below ground relationships of an agro-ecosystem. The aim of the module is to complete knowledge of agro ecosystems functionning taking explicitly account of the roles of animals including vertebrates in Ecosystem Services at different scales (plot to landscape – annual to pluriannual). The students will be encouraged to describe the interactions between plants soils and animals as a pre requisite to identify bottlenecks and drivers, triggers but also consequences of management changes. The module will be divided in three parts (UC 6.1, 6.2, and 6.3). This particular UC 6.3 will be the final step of the module. In this part, students will interview farmers who have a particular questioning about agroecology transition. As an issue of the visit, the students will propose strategies taking into account the objectives of the farmers and the agroecological processes detailed previously in this module. To help students in this activity, methodology dealing with consultancy will be used.
Contenu de l'enseignement :
The introduction of the module will be focused on farming consultancy (the main issues for consultancy, presentation of the different way to advise farmers, different aspects of being farm consultants…). The student will also prepare an interview be presented to the students in order to prepare a farm survey. After this preparative work, the students will be conducted on site to perform the interview of the farmers, in order to collect any information needed to realize the conceptual functioning of this farm. Back to the campus, the student will submit a report presenting their strategy to support the agroecological transition.
Modalités d'évaluation :
Will be analyse with UC 6.3 based on a report given by students.
Volume horaire : 28.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : Y. Le Cozler
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Extraire et analyser l'information issue de capteurs ou systèmes d'acquisition automatisés. Il s'agit aussi de favoriser l'esprit critique et la prise de recul par rapport à l'arrivée de ces technologies en élevage.
Contenu de l'enseignement :
Cette UC est découpé en 2 étapes :
- Du signal à une information validée
- L'utilisation de l'information
Des spécialistes du traitement du signal et de la donnée viendront partager leurs expériences et expertises dans ces domaines lors de cours. Pour la réalisation de cette UC, les travaux pratiques et travaux dirigés s'appuient sur les données issues des stations de Derval, Méjusseaume et St-Gille, et utiliser aussi les informations issues de EU PLF.
Une table ronde sur la place de l'humain dans tous ces dispositifs viendra clôturer cette UC et la formation des étudiants.
Modalités d'évaluation :
Les travaux sont évalués au fur et à mesure de l'avancement et serviront à l'évaluation globale finale.
UC obligatoires
Volume horaire : 72.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : J. Flament
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Le projet mobilise des savoirs variés, pluridisciplinaires et transversaux comme la capacité à formaliser et hiérarchiser des objectifs, mettre en place une démarche cohérente, apporter une réponse pertinente et réaliser une analyse critique des limites du travail réalisé.
Contenu de l'enseignement :
Ce projet de 72 heure se déroule sur la totalité du S9 à raison d'environ 1/2 journée par semaine. Les étudiants travaillent généralement par groupe de 3 à 5 par projet. Il s'achève par la présentation des résultats obtenus, des conclusions et des perspectives au travers d'un rapport écrit et d'une soutenance orale devant les commanditaires du projet.
Le projet est conduit en relative autonomie et vise à développer les capacités d'initiatives des étudiants. Un enseignant-tuteur s'assure du bon déroulement du projet auprès des étudiants et du commanditaire professionnel du projet.
Le projet doit aboutir à des conclusions et/ou à une réalisation utilisable(s) qui répond(ent) explicitement à la question posée par le sujet.
Modalités d'évaluation :
Rapport écrit et soutenance orale du projet (note collective pouvant être pondérée individuellement suivant la participation de chacun).
UC obligatoires
Langue d'enseignement : Français
UC au choix
1 UC à choisir parmi 3
Langue d'enseignement : Français
Langue d'enseignement : Français
Langue d'enseignement : Français
UC au choix
Il est obligatoire de faire un choix d'UC dans chaque bloc.
Bloc : 1
1 UC à choisir parmi 3
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : L. Montagne
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
- Initier les étudiants à la pratique de la formulation des aliments.
- Actualiser les connaissances sur les valeurs nutritives des matières premières et les aliments, utilisés dans l'alimentation des principales espèces d'intérêt zootechnique ;
- Connaître les concepts nutritionnels liés aux principales espèces d'intérêt zootechnique ;
- S'initier à l'utilisation d'un logiciel de formulation permettant d'optimiser et d'analyser des formules ;
- Appréhender les contraintes multiples à prendre en compte pour formuler un aliment ;
- Analyser les conséquences des choix effectués lors de l'élaboration des formules alimentaires sur les performances des animaux à l'aide d'un logiciel de simulation.
Contenu de l'enseignement :
Cours :
- Valeur nutritive des matières premières et besoins des animaux
Travaux pratiques / travaux dirigés :
- Calcul de formules ;
- Prise en main du logiciel de formulation ;
- Présentation du logiciel INRAEPorc et simulation des performances/test des formules ;
Visites/terrain :
- Formulation usine : rencontre avec un formulateur en usine (firme service ou fabricant d'aliment) ;
- Formulation à la ferme : rencontre avec un éleveur fabriquant d'aliment à la ferme
- Recherches en alimentation nutrition énergétique à l'UMR PEGASE / chambre respiratoires
Modalités d'évaluation :
Evaluation du compte-rendu du travail pratique de formulation.
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : F. Ferrière
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Présenter l'influence de l'environnement (physique et/ou chimique) sur l'équilibre des relations inter-systèmes physiologiques chez l'homme et l'animal.
Compétences visées :
- Connaitre, au travers d’exemples, l’influence des facteurs environnementaux sur la physiologie générale de l’animal et les processus physio-pathologiques ;
- Maîtriser les différences entre les notions de perturbation endocrinienne et toxicologie ;
- Connaitre les méthodes d’évaluation de la perturbation endocrinienne et de la toxicologie.
Contenu de l'enseignement :
Cours :
- Perturbation endocrinienne et toxicologie : définitions et méthodes d'évaluation ;
- Outils d'études à l'échelle de la cellule, de l'animal, de la population ;
- Conséquences environnementales sur la fonction de reproduction ;
- Qualité de l'eau : quels effets sur la physiologie ?
Travaux dirigés :
- Analyse de documents/articles scientifiques d'illustration.
Modalités d'évaluation :
Examen écrit individuel.
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : E. Moreau
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Acquisition et approfondissement des connaissances des interactions entre un agent infectieux potentiellement pathogène et son hôte afin de mieux comprendre la pathogénie des maladies infectieuses et parasitaires ainsi que les stratégies de lutte curatives et préventives. Les modalités du pouvoir pathogène des agents et les moyens de défense de l'hôte seront abordés afin d'en comprendre leur adaptation/efficacité ou au contraire leur inefficacité.
Objectifs et compétences visées :
Apporter les connaissances minimales sur l’immunité pour bien comprendre les concepts et les principes surlesquels reposent la prévention et le traitement des maladies infectieuses
Au travers d’un cas concret d’une maladie infectieuse, construire la prise en charge globale du troupeau en termes de diagnostic, prévention et traitement (en réfléchissant aux rôles du vétérinaire et de l’éleveur)
Contenu :
- Présentation du système immunitaire (inné, adaptatif), les bactéries, les virus, le pouvoir pathogène de agents infectieux, les vaccins,
- Réflexion autour du concept One Health et maladies émergentes
Contenu de l'enseignement :
Cours :
- Séances introductives sur l'immunité antibactérienne, antivirale et antiparasitaire ;
- Conférences relatant des travaux de recherche sur les interactions entre l'hôte et les bactéries.
Travaux dirigés :
- Analyse d'articles portant l'étude des interactions hôte-agent infectieux et sur le contrôle des maladies infectieuses et parasitaires.
Modalités d'évaluation :
Epreuve écrite individuelle
Bloc : 2
1 UC à choisir parmi 2
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : J. Flament
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Approfondir les connaissances sur la gestion des systèmes fourragers et plus particulièrement sur la conduite des prairies et la gestion du pâturage.
Sensibiliser au développement d'outils d'aide à la gestion de ces systèmes fourragers, et notamment aux diverses motivations qui ont conduit à leur développement.
Contenu de l'enseignement :
Cette UC est en partie mutualisé avec la spécialisation « agroecology ». Certains enseignements sont réalisés en anglais.
• Cours :
- Les systèmes laitiers et systèmes fourragers ;
- Raisonner l’évolution du système fourrager ;
- Gestion du pâturage pour les vaches laitières : assurer la régularité de l’offre quantitative et qualitative au pâturage et assurer la constitution de stocks de qualité pour la période hivernale (à l’échelle de la saison de pâturage et du troupeau – outils) ;
- Conduite culturale des prairies : cohérence agronomique de l’utilisation de la prairie en rotation
• Visite :
- Exploitation bovin Lait (groupe de 3-4 étudiants par exploitation) ;
• Travaux dirigés :
- Analyse du système fourrager d’un cas concret (exploitation visitée)
Modalités d'évaluation :
- Examen de type quizz (30 minutes) : noté sur 10 ;
- Restitution orale de l'analyse de système fourrager de l'exploitation visitée : noté sur 10.
Volume horaire : 22.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : F. Beaudeau
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Fournir et illustrer les concepts et méthodes de base en épidémiologie descriptive et analytique.
Compétences visées :
- mettre en œuvre des méthodes de base pour décrire l’état de santé d’une population animale ;
- identifier les méthodes de détermination de l’occurrence des états de santé ;
- connaître les principales étapes de conception et mise en œuvre d’un protocole d’étude épidémiologique ;
- mettre en œuvre une analyse critique d’un article rapportant une étude épidémiologique.
Contenu de l'enseignement :
Les cours porteront sur :
- Objet et champs de l'épidémiologie animale : Concepts et méthodes générales (3h) ;
- Identification/quantification de l'impact de facteurs de risque de survenue d'une maladie multifactorielle (3h) ;
- Modélisation mathématique de la propagation et de la persistance d'un agent pathogène : concepts et applications (2,5h) ;
- Exemple d'enquête épidémiologique : "hépatite E" en production porcine (1,5h).
Les travaux dirigés compléteront cette partie théorique, avec notamment des applications sur :
- Valeur informative des outils de mesure des états de santé (2,5h) ;
- Echantillonnage pour la mesure d'une fréquence (2h) ;
- Echantillonnage pour la mesure de l'impact d'un facteur de risque (1h) ;
- Travail de groupe sur élaboration de projet de protocole épidémiologique (4,5h)
- Lecture critique d’article rapportant une enquête épidémiologique (2h)
Modalités d'évaluation :
Epreuve écrite individuelle comprenant QCM, QROC, exercices.
Bloc : 3
1 UC à choisir parmi 2
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : P-G Marnet
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Objectifs :
- Approfondissement sur la physiologie des comportements et leurs méthodes d’études pratiques ;
- Application à l’objectivation du bien-être /douleur.
Compétences visées :
- Connaissances physiologiques et neurophysiologiques ;
- Connaissances des méthodes et outils d’étude des comportements ;
- valuation multifonctionnelle du bien-être animal.
Contenu de l'enseignement :
- Concepts et méthodes d'analyse des comportements : des bases de l'éthologie à la mesure objective ;
- Approfondissement sur quelques comportements essentiels :
- Le comportement maternel ;
- Le comportement alimentaire et de buvée ;
- Le comportement sexuel ;
- Les interrelations homme-animal ;
- L'évaluation de la Douleur animale/méthodes d'évaluation du bien-être : aspects pratiques ;
- Interactions comportement et santé : stresse et immunité.
Modalités d'évaluation :
Examen écrit individuel
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : J. Faure, J. Flament
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
- Initier les étudiants aux démarches nouvelles de valorisation des produits issus de l'élevage, créatrices de valeur ajoutée ;
- Permettre aux étudiants d'appréhender la logique présidant de la construction, la mise en place et la viabilité de ces démarches.
Compétences visées :
A l’issue du module, les étudiants doivent être capables de raisonner le choix des démarches de création de valeur ajoutée en élevage. Ils doivent :
- connaître les différents concepts de démarches créatrices de valeur ajoutée et composantes associées, allant de la maîtrise des qualités sanitaire et de composition, du goût... des produits jusqu'à la durabilité des exploitations agricoles, en passant par l’efficience économique (analyse des rapports coûts/bénéfices et coûts de production/prix de vente) ;
- avoir renforcé leurs connaissances des composantes de qualité d’un produit issu de l’élevage et les caractéristiques d’un produit conventionnel.
Contenu de l'enseignement :
L’échelle « filière » étant très large et les possibilités d’innovation très fortes, le module se limitera à l’échelle de l’élevage. Il s’agit alors de voir comment il est possible d’y créer de la valeur ajoutée en utilisant des démarches de valorisation des produits animaux et/ou de l’élevage pouvant se développer à une échelle locale : circuits courts, vente directe, produits sous signe de qualité, lutte contre le gaspillage alimentaire… Il s’agit de donner aux étudiants des clés leur permettant de comprendre les enjeux et les spécificités de ces démarches (intérêt commercial et autres, atouts, contraintes, difficultés, modalités de mise en place, perspectives d’évolution…) et d’analyser leur faisabilité dans le cadre d'un projet d’une exploitation agricole. Ceci se fera en lien avec les caractéristiques et la logique de fonctionnement de l’élevage présent, et les conditions requises pour préserver sa durabilité (ex de projets: création d’un atelier de transformation et de vente directe ; création d’un atelier de production selon le mode agriculture biologique…).
Cours
Ils porteront sur des rappels sur les concepts et principes sous-jacents aux démarches créatrices de valeur ajoutée et les démarches Qualité en élevage.
Travaux dirigés / visites
Les travaux dirigés consisteront en une étude de projet d’une exploitation agricole et de sa faisabilité. Les séances de travail sont constituées de visites d’exploitation (dont celle sur laquelle le projet a été défini), de rencontres avec des professionnels et de travail de groupe.
Modalités d'évaluation :
Rapport écrit sur l'étude de cas (travail collectif) et restitution orale devant les éleveurs et professionnels impliqués dans l'étude de cas.
UC au choix
Il est obligatoire de faire un choix d'UC dans chaque bloc.
Bloc : 1
1 UC à choisir parmi 2
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Illustrer les interactions entre les grandes fonctions au regard des enjeux scientifiques actuels en production animale (efficience et robustesse des animaux, santé…), en montrant les approches pluridisciplinaires et pluri-échelles menée en biologie intégrative.
Contenu de l'enseignement :
Des conférences par des chercheurs du secteur public ou privé sont proposées, ainsi que des travaux dirigés et des lectures d’articles pour préparer les conférences.
Modalités d'évaluation :
Examen écrit individuel
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Appréhender les interactions entre les filières de productions animales, le territoire et les systèmes d’élevage en prenant en compte les grands enjeux des productions animales (multi-performances des systèmes d’élevages et de leurs filières au regard des attentes de la société). L’objectif est aussi d’apporter aux étudiants une palette de démarches et de méthodes afin qu’ils développent une analyse systémique, multi-échelles et multi-objets, des systèmes d’élevage dans leur contexte.
Contenu de l'enseignement :
A partir d’un cas concret, les étudiants doivent déterminer et comprendre la nature des interactions entre les stratégies et les contraintes de filières de productions animales, le ou les territoires dans lesquelles elles s’inscrivent et les pratiques d’élevages choisies par les éleveurs. L’idée est de comprendre les évolutions possibles des systèmes d’élevages dans un cadre donné pouvant lui-même évoluer. Pour cela, des travaux dirigés sont prévus, afin de présenter et illustrer des concepts, démarches et méthodes manipulables pour appréhender les interactions entre filières, territoire et systèmes d’élevage), complétés par une visite et une analyse pratique d’une filière de production animale.
Modalités d'évaluation :
Présentation orale de l'analyse du cas d'étude par binôme + QCM
Volume horaire : 84.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Analyse Génétique de Traits Complexe. L’UE7 AGTC a pour objectif l’acquisition de connaissances approfondies et de compétences concernant l’analyse génétique de caractères complexes et la sélection. Ce module apporte le savoir et le savoir-faire nécessaires aux étudiants pour accéder aux métiers concernant l’amélioration génétique des animaux d’élevage : sélectionneur, R et D en entreprise de sélection… ou leur permettant de poursuivre par la réalisation d’un doctorat en génétique quantitative/génomique. Parmi les compétences recherchées, l’étudiant sera capable d’analyser et critiquer un résultat, connaître les différentes approches analytiques, de poser et de résoudre un problème complexe, le tout en lien avec le domaine de la génétique animale.
L’UE7 AGTC comprend 2 UC :
- Analyse génétique de traits complexes (42h – CM : 10h, TP : 32h). Objectifs : expliquer et analyser les notions de déséquilibre de liaison, d’imputation, de détection de QTL…
- A la rencontre de professionnels du phénotypage et de la sélection (24h – visites). Cette UC est commune aux UE AGTC et PBE. Elle vise à appréhender les métiers et missions de professionnels du phénotypage et de la sélection. Elle comprend des visites d’entreprises ou instituts autour des thématiques « Collecte et gestion de la semence (Xia, Gènes Diffusion) », « Contrôle de performances et conseil en élevage (Eilyps) », « Organisation des schémas de sélection et phénotypage fin (Grimaud, Hendrix genetics, IFIP, Nucleus…) », « Labo de génotypages/séquençages (CHU…) ».
Contenu de l'enseignement :
L’UE7 AGTC comprend une partie mapping : analyse du déséquilibre de liaison, imputation, détection de QTL et une partie post-mapping : analyse d’une région d’intérêt par analyse de séquences NGS (détection de variants), annotation des variants, analyse d’expression et expression allélique spécifique). Une large partie du temps est consacrée à la réalisation d’un projet.
Modalités d'évaluation :
Compte rendu écrit individuel et par groupe
Bloc : 2
1 UC à choisir parmi 2
Volume horaire : 84.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Projet de biologie expérimentale (PBE). L’UE7 PBE vise à consolider les connaissances de base en physiologie des grandes fonctions (nutrition, reproduction, comportement…).
L’UE7 PBE comprend 2 UC :
- Mise en situation (42h – TD : 10h, TP : 32h). Objectifs : sensibiliser les étudiants aux approches de recherche par une mise en situation. Il s’agit d’un projet de biologie expérimentale, basé sur des travaux pratiques et travaux dirigés autour de la réponse à une question de recherche en physiologie intégrative. Le module est co-organisé par des enseignants-chercheurs et des chercheurs de l’UMR INRAE/INSTITUT AGRO RENNES-ANGERS PEGASE et se déroule en partie dans la ferme expérimentale et les laboratoires de recherche de PEGASE. Les étudiants appréhendent l’approche multi-échelle (de l’expérimentation sur l’animal aux études de l’organe et de la cellule en laboratoire) et multidisciplinaire menée en physiologie, notamment par l’utilisation conjointe de méthodologies en bio-informatique, génétique moléculaire, biologie cellulaire, immunologie, microscopie… Le support et le sujet d’étude varie chaque année.
- A la rencontre de professionnels du phénotypage et de la sélection (24h – visites). Cette UC est commune aux UE AGTC et PBE (voir précédemment).
Contenu de l'enseignement :
L’UE7 PBE est basée sur des travaux pratiques et travaux dirigés autour de la réponse à une question de recherche en physiologie intégrative. Les étudiants appréhendent l’approche multi-échelle (de l’expérimentation sur l’animal aux études de l’organe et de la cellule en laboratoire) et multidisciplinaire menée en physiologie, notamment par l’utilisation conjointe de méthodologies en bio-informatique, génétique moléculaire, biologie cellulaire, immunologie, microscopie…
La partie commune de ces 2 UE (« à la rencontre des professionnels, phénotypes et sélection ») comprend des visites d’entreprises ou instituts Ceci vise mieux faire connaître et faire comprendre les activités et professions autour de ces thématiques.
Modalités d'évaluation :
Présentation collective, examen individuel et compte-rendu collectif
Volume horaire : 84.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, V. Lollivier, J. Faure, A-L. Jacquot
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Analyse des jeux d'acteurs sur un territoire (AAT) (66h – TD : 10h, TP : 24h, visites : 32h).
L’UE7 AAT vise à consolider les connaissances autour des systèmes d’élevages en interaction avec leur territoire et au sein d’une ou plusieurs filières. Elle apporte aux étudiants des méthodes d’approche systémique afin d‘appréhender les systèmes d’élevage dans leur contexte. Objectifs: approfondir la compréhension d’un territoire et/ou d’une (de) filière(s) de productions animales en France ou à l’étranger en axant sur l’analyse des jeux d’acteurs entourant le cas d’étude (acteurs politiques, économiques, sociaux et environnementaux).
L’UE7 AAT ne comprend pas d’UC.
Contenu de l'enseignement :
Dans l’UE7 AAT, les étudiants sont en charge de la réalisation d’une analyse prospective sur le devenir et la place d’une (des) filière(s) au sein du territoire défini. Ce module permet également aux étudiants de rencontrer une grande diversité d’acteurs et de professionnels gravitant autour des filières de productions animales. Des travaux pratiques et dirigés autour de l’analyse de jeux d’acteurs en lien avec une problématique à définir sur une ou plusieurs filières de productions animales situées sur un territoire sont réalisés. Ceci est réalisé via des rencontres avec les acteurs concernés, notamment lors de déplacements et visites sur le territoire étudié.
Modalités d'évaluation :
Présentation orale collective et rapport collectif
Bloc : 3
1 UC à choisir parmi 1
Volume horaire : 48.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : L.Montagne, Y. Le Cozler
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Cette UE8 s’inscrit dans le domaine de l’adaptation des animaux, des élevages et des systèmes à leur(s) milieu(x). Elle vise à mettre en pratique les démarches présentées dans les UE 6 et 7, afin de répondre à une question donnée ou tester une hypothèse autour des concepts d’adaptation et de robustesse.
Il vise également à sensibiliser et initier les étudiants à la démarche de réponse à un appel à projet de type CAS DAR, ANR…
Différents niveaux d'approche (moléculaire, tissulaire, animal) sont proposés, mais les changements d’échelle et/ou l’intégration de différentes échelles ou disciplines sont au cœur de ce module.
Contenu de l'enseignement :
Ce module est un projet à la fois collectif et personnel, visant en la rédaction d’une réponse à un appel d’offre de type CAS DAR (répondre à une question donnée ou tester une hypothèse autour de ces concepts d’adaptation et de robustesse).
Modalités d'évaluation :
CR projet (1 note collective et 1 note individuelle) + oral (1 note collective)
(Examen écrit individuel)
UC obligatoires
Enseignant(s) responsable(s) : V. Lollovier
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Cette UE est réalisée au cours du semestre 8 du parcours ingénieur agronome à L’Institut Agro Rennes-Angers, (année n - 1) mais elle est intégrée dans le parcours de S9 (année n). Pour les étudiants n’ayant pas réalisé cette activité en S8 (autres écoles ou changements de spécialisation), l’intérêt / l’opportunité de réaliser cette activité, en fonction du cursus réalisé précédemment, seront discutés au moment de l’inscription définitive (rentrée de septembre). L’objectif pédagogique lié à la rédaction d’un rapport bibliographique est d’apprendre à effectuer, dans un temps limité, un rapport de synthèse sur un sujet donné. Les étudiants doivent donc réaliser un travail de recherche, d’analyse et d’intégration de données obtenues dans des publications scientifiques.
Les objectifs de cet exercice sont :
- de développer un sujet en ne se contentant pas de données superficielles,
- de développer le sens critique des étudiants vis-à-vis du contenu des articles publiés,
- d’utiliser les moyens usuels de recherche d’articles,
- de choisir les mots-clefs judicieux et d’identifier les articles les plus pertinents,
- d’analyser ces articles et d’en extraire les informations relevant de la question posée,
- de synthétiser les éléments de bibliographie à travers un travail d’analyse critique (confrontation des données) et d’intégration (éviter un catalogue des données contenues dans les articles),
- de rédiger la synthèse rigoureusement et selon les consignes.
Contenu de l'enseignement :
Une liste actualisée de sujets bibliographiques est proposée chaque année aux étudiants. Les sujets sont très cadrés de façon à réussir à aboutir à un très bon travail durant le temps imparti. Une fois le choix validé, les étudiants prennent rendez-vous avec le tuteur pour lancer le travail, chercher de la bibliographie, la valider par le tuteur et sélectionner avec lui, 10-15 articles pertinents. Un plan détaillé doit ensuite être fourni au tuteur avant rédaction. Si le délai de rendu et/ou les consignes de présentation du document n'ont pas été respectés, 5 points sont automatiquement retirés à la note finale. Les rapports corrigés vous sont rendus en juin, avant la fin des cours. Les étudiants qui n'ont pas validé cet exercice (obligatoire pour l'obtention du diplôme) doivent refaire le rapport pour la rentrée. Toutes les consignes et recommandations sont précisées en début d’exercice.
Modalités d'évaluation :
Rapport écrit rendu juin année n-1 (S8), prise en compte dans les notes au cours de l'année n (S9)
Volume horaire : 48.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais, L. Montagne, Y. Le Colzer
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Cette UE vise à :
- Bien connaître les tenants et aboutissants de la formation, avec des présentations introductives des principales et notions qui seront abordées, ainsi que la participation à la présentation du stage de fin d’études de certains étudiants « sortants » ;
- Finaliser les formalités administratives de rentrée, réaliser les entretiens individuels de rentrée, permettant de cibler les points faibles / forts de chaque étudiant, leurs éventuelles difficultés, et leur attribuer un tuteur « référent » pour la durée du semestre 9 ;
- Réaliser des révisons sur les sciences animales et méthodes importantes à maîtriser pour le futur (évaluer les connaissances et faire des mises à niveau si besoin), et lancer les travaux de groupe ;
- Participer aux actions collectives de rentrée (Soutenances) ;
- Développer le savoir-être des étudiants et leur permettre de réussir leur insertion professionnelle (préparation aux entretiens d’embauche), les initier aux nouveaux outils numériques de l’information, de la communication et de collaboration en entreprise ; et renforcer leurs compétences rédactionnelles pour une communication écrite efficace.
Contenu de l'enseignement :
Lors cette UE, le déroulement de l’année, les activités, les objectifs, les attentes… sont présentés, précisés et discutés avec les étudiants. Leur participation à certaines soutenances de stage de fin d’études illustrera le travail attendu en fin d’année, tout en complétant leurs connaissances en sciences et productions animales. Dans le souci d’une professionnalisation encore grande, la formation des étudiants autour de la connaissance et l’utilisation des outils de veille documentaire, ainsi que les principaux outils collaboratifs disponibles en entreprise, sera poursuivie. Des TD d’application sur la rédaction d’un document technique / scientifique seront réalisés, afin de mobiliser et organiser pertinemment et efficacement ses idées, de s’assurer de la progression des informations dans un texte, et de respecter les règles / codes du document scientifique. Une attention particulière sera aussi portée à la posture professionnelle. Ces aspects de l’UE ne feront pas l’objet d’évaluation. Cette UE comprend enfin une série de cours/TD, permettant de revoir ses connaissances théoriques en Sciences et Productions animales. Des ressources en ligne et ces cours/TD (2 à 4 h) permettront de remobiliser les connaissances et de (re)voir également les principaux enjeux liés aux productions animales et les moyens disponibles pour les relever (qui seront présentés, approfondis lors des semaines qui suivront).
Modalités d'évaluation :
A l'issue de la semaine de révisions (semaine 1 du S9), un QCM d'évaluation validera cette UE.
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : J. Flament
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Le module vise à initier les étudiants aux démarches de modélisation systémique et de méta-analyse (fondement, étapes, mise en œuvre…). Sur la base d’exemples concrets, il explicite les spécificités de ces démarches tant au niveau de leurs objectifs, que de leur déroulé et des outils à mobiliser.
Mettre en œuvre des outils d’approche systémique tels que la cartographie de la littérature, la démarche de méta-analyse et la modélisation
Proposer des démarches de modélisation en adéquation avec la problématique (types de modélisation, formalisme, démarche)
Pré-requis :
- Connaitre la notion de système
- Connaitre les modèles linéaires mixtes et leurs conditions de mises en oeuvre
Contenu de l'enseignement :
- Réaliser le codage sur R d’une méta-analyse, repérer dans un jeu de données des données influentes, des données aberrantes en utilisant des méthodes de diagnostics
- connaitre les méthodes sous-jacentes à chaque étape d’une méta-analyse
- Etre capable de faire une analyse critique d’une publication de méta-analyse et de la robustesse des résultats (équations de prédiction proposées)
- Identifier les étapes clés d’une méta-analyse contribuant à la qualité du travail réalisé et à la validation des résultats
- Réaliser le codage sur R d’une méta-analyse
- Repérer dans un jeu de données des données influentes et des données aberrantes
- Concevoir des modèles simples sous outils adéquats (VenSim, R…)
Modalités d'évaluation :
Travaux réalisés et présentés par les étudiants (écrit / présentation orale)
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : F. Lecerf
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
Cette UC a pour objectifs principaux de :
- Rappeler / faire connaître les concepts nécessaires en terme de gestion de données ;
- Faire connaître et utiliser les outils permettant d'analyser et de gérer des données.
Contenu de l'enseignement :
Cette UC est organisé au travers de cours / travaux dirigés sous forme de projets. Les cours auront pour objectif de rappeler les concepts de base de gestion de données, leurs implémentations pratiques et les notions élémentaires pour interroger une base de données.
Au travers des « cours – travaux dirigés », les étudiants auront à réaliser un projet de gestion de données en lien avec différents domaines en productions animales. Ces projets seront conduits en binômes/trinômes. Les étudiants seront accompagnés dans la réalisation de leur projet durant cette forme de cours-travaux dirigés.
Modalités d'évaluation :
Les connaissances acquises lors de cette UC sont évaluées individuellement, au travers d'un examen écrit de 1 h. L'évaluation porte sur la capacité des étudiants à :
- Intégrer et synthétiser les différentes connaissances en gestion de données et sur les outils disponibles ;
- Retranscrire les notions de conception d’un modèle de données.
Le projet appliqué sera aussi évalué au cours de cette UC.
Volume horaire : 24.00 heures
Enseignant(s) responsable(s) : J. Flament
Langue d'enseignement : Français
Objectifs :
- Remobiliser et appliquer des méthodes d’approches et /ou d’analyses déjà vues dans le cursus, mais appliquées au domaine des sciences animales
- Utiliser des méthodes d’approches et /ou d’analyses émergentes (machine learning et analyses de grosses bases de données)
-- Identifier les étapes des différentes démarches et méthodes possibles lors de la mise en place d’un essai, d’une enquête ou pour analyser une grande base de donnée
Contenu de l'enseignement :
Lors cette UE, différentes méthodologies d’approches et d’analyses seront abordées :
- La démarche expérimentale, depuis la conception jusqu’à la mise en place et l’analyse critique des données aux analyses (planification, puissance expérimentale, puissance statistique… avec Jocelyne Flament)
- Les méthodes d’approches participatives, d’enquêtes et multicritères (différents types d’approches, utilisation Limesurvey… avec Anne-Lise Jacquot)
- Les méthodes d’approche de type « machine learning », de l’acquisition de la donnée à son analyse et valorisation (avec Yannick Le Cozler)
- Chacune de ces 3 entités abordées est composée d’un cours magistral de 4 h, suivi de 6 h de TD.
- Les étudiants suivront tous les cours magistraux (12 h), mais ne choisiront que 2 TD (12 h en tout).
- Les TD visent à mettre en application et/ou illustrer les concept présentés lors des CM.
Modalités d'évaluation :
Les modalités d’évaluation comporteront une partie commune (acquis de connaissances sur les CM) et une partie sur les TD (précisée en début de TD par chaque enseignant responsable).