Spécialité : Microbiologie, parasitologie, virologie

Résumé

Le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum (ceRs), originaire des zones tropicales et aujourd’hui largement distribué au niveau mondial, regroupe trois espèces responsables du flétrissement bactérien et capables d’infecter plus de 250 espèces de plantes cultivées, ce qui en fait une menace phytosanitaire majeure. Les travaux de cette thèse ont porté sur l’étude d’une collection française métropolitaine de 346 souches isolées sur diverses matrices entre 1994 et 2023. Afin de caractériser leur diversité génétique, un schéma MLVA spécifique au groupe IIB-1 a été développé et complété par le séquençage génomique de 230 souches de la collection. En parallèle, des tests de virulence et de pouvoir pathogène ont été menés sur tomate et pomme de terre respectivement, afin de caractériser les phénotypes des souches. Les souches de la collection française présentent une faible diversité génétique, marquée par la présence de 123 SNPs, mais des traits phénotypiques très variables entre souches sur les cultures et dans les conditions de culture testées. De plus, des analyses de tip-dating réalisées sur les souches de la collection française, indiquent que le groupe génétique IIB-1 est d’origine sud-américaine. La dissémination mondiale de ce groupe a probablement eu lieu suite à l’échange colombien initié au 16ème siècle, d’abord dans la région méditerranéenne puis en Europe où il a provoqué des épidémies majeures dans les années 1990. L’ensemble de ces travaux a permis d’apporter de nouveaux éléments sur l’histoire évolutive du ceRs en France métropolitaine et les risques d’émergence d’autres espèces, en particulier pour la filière du plant de pomme de terre.

Mots clés : Complexe d’espèces Ralstonia solanacearum, France métropolitaine, MLVA, tip-dating, pouvoir pathogène