Thèse dirigée par Christophe Mougel, UMR "Institut de Génétique Environnement et Protection des Plantes" (IGEPP)

Spécialité : Microbiologie, virologie et parasitologie

Résumé

Dans l'agriculture, la réduction des intrants chimiques est une priorité pour diminuer leurs effets néfastes sur l'environnement et la santé humaine. Parmi les alternatives, le microbiote des plantes présente un levier prometteur en impactant la résistance aux pathogènes. Cependant, la complexité du microbiote rend difficile la compréhension des mécanismes, ce qui nécessite la décomposition du système par des approches réductionnistes. Dans ce cadre, une collection de microorganismes a été isolée à partir des racines et la rhizosphère du blé (Triticum aestivum) et du colza (Brassica napus). Cette collection a permis d’étudier le rôle des champignons dans la modulation de la résistance à Rhizoctonia solani et Fusarium graminearum. Parallèlement, l’impact du métabolisme carboné des isolats sur ces interactions a été étudié. Nos résultats montrent que certains isolats fongiques sont capables de moduler la résistance des plantes et de limiter la croissance in vitro des pathogènes. Ces effets dépendent de leur histoire évolutive et de traits métaboliques comme la diversité des substrats métabolisés et la capacité à utiliser certains substrats. Des marqueurs métaboliques ont donc été mis en évidence, soulignant le rôle de traits fonctionnels et de la largeur de niche écologique dans l’assemblage du microbiote. Cette thèse apporte ainsi à la fois des avancées méthodologiques dans la constitution et l’évaluation de collections de microorganismes et des avancées conceptuelles, en éclairant notamment le rôle central du métabolisme du carbone dans les dynamiques microbiennes et la résistance aux maladies.

Mots clés : Microbiote, interactions champignon-champignon, métabolisme du carbone, écologie fongique, activité antifongique, santé de la plante