Thèse dirigée par Dominique Barloy, UMR "Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan" (Decod)

Spécialité : Génétique, génomique et bio-informatique

Résumé

Dans un contexte de dispersion des espèces invasives, leur survie est conditionnée par leur capacité à s’adapter. En France, la jussie, Ludwigia grandiflora subsp. hexapetala (Lgh), est une espèce aquatique invasive colonisant de nombreux milieux aquatiques et aussi des prairies humides. Pour comprendre cette acclimatation qui a conduit à l’apparition de deux morphotypes aquatique et terrestre, il est indispensable de produire des ressources génomiques pour cette espèce polyploïde nonmodèle. L’objectif majeur de cette thèse a été l’assemblage de novo des génomes mitochondrial et nucléaire et d’un transcriptome de Lgh. Des séquences d’ADN long reads et short reads, et des transcrits issus de conditionnements différents des deux morphotypes ont été utilisées. L’assemblage du mitogénome a montré une structure composée de deux molécules.
Un draft du génome et des transcriptomes de novo et sur référence de Lgh ont été assemblés et annotés. Ils ont montré une complémentarité soulignant leur intérêt pour une amélioration mutuelle. L’étude de l’expression différentielle des gènes en condition terrestre révèle des stratégies différentes du morphotype aquatique, fonction de son conditionnement, et pouvant contribuer à son acclimatation au milieu terrestre. Différentes ressources génomiques de qualité ont été produites permettant une première analyse des réponses fonctionnelles de la jussie. Des améliorations des génome et transcriptome de Lgh sont envisagées afin de poursuivre cette étude et de fournir des ressources uniques pour étudier l’histoire évolutive et le rôle de la polyploïdie chez les Onagraceae et dans l’ordre des Myrtales

Mots clés : jussie, mitogénome, génome, transcriptome, invasion biologique, adaptation