Thèse dirigée par Frédéric Lecerf, unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Élevage (UMR Pegase) 
Spécialité : Génétique, Génomique et Bio-informatique

Résumé

L’amélioration génétique des poules pondeuses joue un rôle clé dans la transition vers des systèmes d’élevage plus durables. Les sélectionneurs sont amenés à adapter leurs méthodes et optimiser les schémas de sélection pour répondre aux nouveaux défis de l’élevage de poules pondeuses. La sélection génomique (SG), déjà largement utilisée en routine, représente un levier important pour optimiser la sélection dans ce contexte. Le premier objectif de ce travail était d’étudier la qualité de génotypage du double digest restriction site associated DNA sequencing (ddRAD‑seq), envisagé comme une alternative technique et économique aux puces SNP, méthode de référence pour le génotypage des poules pondeuses. Le ddRAD‑seq associé à un contrôle qualité rigoureux, permet d’obtenir des génotypes de bonne qualité et de couvrir tous les micro‑chromosomes dont ceux absents des puces. Alors, dans une seconde partie du travail, la précision des évaluations génomiques obtenues à partir de ces génotypes ddRAD‑seq a été comparée à celle obtenue à partir de puces SNP haute densité (HD). Les résultats ont montré que le ddRAD‑seq permettait de réaliser des évaluations génomiques aussi précises qu’avec des données de puces HD, sur des caractères de qualité des œufs. Enfin, dans un troisième temps, des stratégies de schémas de sélection conçues pour allonger la période de ponte jusqu’à 90 semaines ont été simulées, en faisant varier l’intervalle de génération, en générations discrètes ou chevauchantes. Les résultats ont démontré que la SG permettait d’augmenter le progrès génétique sur les caractères mesurés tardivement même avec un intervalle de génération réduit, tout en limitant l’augmentation de la consanguinité.

Mots clés : Génotypage, sélection, poules pondeuses, schémas de sélection, évaluation génomique