Mieux sélectionner les reproducteurs pour une aviculture durable
Thématique : Transitions des systèmes agricoles : produire autrement
Production animale : œuvrer pour des systèmes de production efficaces et durables tout en prenant en compte le bien-être animal
Année de parution : 2024
Contact(s) : Frédéric Lecerf
frederic.lecerf@institut-agro.fr
La sélection génomique repose sur l’analyse de l’ADN pour repérer les meilleurs individus d’une population sur des caractères d’intérêt. Elle représente un levier stratégique pour accélérer et fiabiliser la sélection des reproducteurs en filière poule pondeuse.
L’un des principaux défis réside dans la capacité à lire correctement l’ADN afin d’identifier et de caractériser les variations génétiques entre individus. Jusqu’à présent, la méthode la plus complète — le séquençage du génome entier — restait trop coûteuse pour une utilisation à grande échelle dans cette filière. Une solution alternative, moins onéreuse, consiste à recourir au ddRAD-seq (double digest restriction site associated DNA sequencing), qui cible certaines régions spécifiques du génome.
L’objectif de l’étude était d’évaluer la fiabilité du ddRAD-seq pour détecter et caractériser les variations de l’ADN chez la poule pondeuse. Pour cela, 50 coqs issus d’une même lignée ont été séquencés à la fois par génome entier (référence) et par ddRAD-seq.
Les résultats obtenus avec les deux méthodes ont été comparés.
Les premiers résultats montrent que le ddRAD-seq identifie les positions des variations de l’ADN avec une précision de 96 %, ce qui en fait une méthode fiable pour localiser les différences entre individus. Concernant la caractérisation de ces variations, 82 % des cas analysés via ddRAD-seq correspondent à la nature identifiée par le séquençage complet.
En affinant l’analyse — en ne conservant que les variations présentes chez au moins 80 % des individus, avec un minimum de 5 lectures indépendantes —, la précision atteint 95 %. Le ddRAD-seq, associé à une stratégie de filtrage rigoureuse, se révèle donc performant pour identifier et caractériser les variations génétiques à un coût réduit.
Cette approche peut être utilisée de manière fiable en recherche, comme en sélection animale, pour renforcer la précision, la rapidité et l’efficacité des évaluations génétiques en filière poule pondeuse. Elle constitue ainsi un outil utile pour accompagner les transitions en élevage, en conciliant innovation, performance et durabilité.
