Thèse dirigée par Emmanuel Geoffriau, directeur de thèse, UMR Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS)

Spécialité : Génétique, Génomique et Bioinformatique                                                                                                                                             

Résumé

L’alternariose foliaire, causée par Alternaria dauci, est une maladie importante de la carotte, pour laquelle les résistances disponibles restent partielles et quantitatives.Cette thèse a étudié comment le génotype de la Carotte et l’exposition à des températures élevées influencent la protection associée à Bacillus pumilus QST 2808. La résistance basale et le bénéfice supplémentaire du traitement ont été considérés séparément. B. pumilus QST 2808 réduit la maladie, inhibe la germination des conidies et le développement précoce d’A. dauci, et modifie l’expression de gènes associés aux défenses avant infection. Le criblage de 40 génotypes de Carotte a mis en évidence une variation du bénéfice du traitement qui n’est pas expliquée uniquement par le niveau de maladie sans traitement. Les analyses transcriptomiques ont identifié des réponses associées à la protection impliquant la signalisation, la régulation du statut oxydant et le métabolisme spécialisé. Les températures élevées modifient fortement les profils transcriptomiques et métaboliques de la Carotte, notamment la protéostasie, la photosynthèse, certaines fonctions associées à l’immunité et le métabolisme spécialisé. Lorsque génotype,température, traitement et pathogène sont combinés, B. pumilus QST 2808 réduit en moyenne la maladie d’environ 21 à 24 % dans les quatre régimes thermiques étudiés. Une partie de la réponse associée au traitement reste détectable en cas de fortes chaleurs bien que plusieurs fonctions de l’hôte,notamment le métabolisme des flavonoïdes,soient sensibles à la température.

 Mots clés : Biocontrôle, alternariose, Daucus carota, stress combinés, stress thermique