Une bonne connaissance du génome est essentielle pour comprendre le fonctionnement des êtres vivants. Les gènes jouent un rôle central dans la façon dont les animaux adaptent leurs traits et comportements face aux changements environnementaux — un enjeu majeur dans le contexte d’un élevage en transition agroécologique.

Chez les espèces d’élevage, la connaissance des gènes et de leur expression reste inégale, notamment pour les gènes régulateurs de type ARN longs non codants (ARNlnc), encore peu documentés. Un travail d’enrichissement du catalogue génétique et de caractérisation fonctionnelle a été mené chez la poule, une espèce clé à la fois source de protéines à l’échelle mondiale et modèle précieux pour comprendre la biologie fondamentale et évolutive des vertébrés.

Ce travail a abouti à la création de GEGA, une application web conviviale permettant d’explorer un large ensemble de données génomiques et fonctionnelles relatives au génome de la poule.

L’outil repose sur un atlas unifié de 78 323 gènes, dont 24 102 codants et 44 428 ARNlnc, représentant la couverture génétique la plus complète à ce jour pour cette espèce.

GEGA permet ainsi l’analyse fine des profils d’expression et de co-expression de ces gènes dans 47 tissus, à partir du séquençage du transcriptome de 1 400 échantillons issus de 36 projets. L’outil autorise également l’exploration des variations d’expression entre tissus, ainsi que selon le sexe ou l’âge dans certains cas. Des données fonctionnelles complémentaires issues de bases externes sont également intégrées.

Proposant une vision unifiée et enrichie du génome de la poule, GEGA s’impose comme un outil de référence pour la communauté scientifique, favorisant l’émission d’hypothèses biologiques sur la fonction des gènes.