Agriculture • Alimentation • Environnement

Volume horaire : 50.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : C. Guérin

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Cette UE a pour objectif d’apporter une vision globale des différents modes de production des produits halieutiques (pêche et aquaculture) mais aussi de présenter les principales voies de transformation et de valorisation de cette production. Pour atteindre ces objectifs, les 3 domaines suivants seront déclinés :

• Ressources halieutiques et leur exploitation
• Principales filières aquacoles : techniques et maîtrise d’élevage
• Qualité et transformation des produits halieutiques

Contenu de l'enseignement :

Introduction
- Chiffres clés des secteurs Pêche & Aquaculture 6 h (2 h de CM, 4h TD)

Technologie des pêches 4h (2h CM, 2h conférences)

Production de pêche
- Volume, modes d’exploitation et état des ressources 4h (4h CM)

• Poissons pélagiques
• Poissons démersaux
• Invertébrés (crustacés, mollusques et autres)

Production aquacole 
- Maîtrise d’élevage et modes de production 12h (4h TD, 8h CM)

• Salmonidés vs poissons marins
• Mollusques
• Crustacés

Produits
- Santé publique et qualité 10h (6h CM et 2x4 hTD en ½ groupe)

• Composition biochimique et évolution du muscle
• Évaluation de la fraîcheur et de la qualité sanitaire

- Technologie halio-alimentaire 8h (8h CM)

Finalisation TD Aqua et restitution (4h)

Modalités d'évaluation :

Les étudiants seront évalués individuellement par un examen écrit de 2h portant sur les 3 domaines. Les TD chiffes clés en aquaculture et les présentations orales des TD « productions et filières aquacoles » seront également évalués.

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Lagarrigue

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Être autonome dans l’utilisation de R

Contenu de l'enseignement :

Suivi de la formation continue « Initiation à R »

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle des connaissances 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : D. Causeur, S. Lagarrigue

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’objectif de cette UC est de permettre aux étudiants de mettre en œuvre, dans des situations concrètes inspirées de l’expérience des intervenants, une démarche standard d'analyse statistique de données génomiques. L'importance d'une interaction forte entre compétences biologiques et statistiques est l'un des messages importants de ce module. 

Contenu de l'enseignement :

Sur le plan méthodologique, les méthodes présentées ont un champ d'application qui dépasse celui de l'analyse de données génomiques ; elles sont utilisées de manière générique pour l'analyse de systèmes complexes observés par des technologies à haut-débit (IRM pour l'imagerie médicale, Spectrométrie Proche Infra-Rouge, ...). 

Programme d’enseignement :

• Introduction aux biotechnologies à haut-débit pour la génomique
• Sélection de gènes (i.e. Quels gènes sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions ?)
• Extraction de modules de gènes co-exprimés (i.e. Quels sont les gènes (ou individus) ayant un profil similaire ?)
• Interprétation biologique des listes de gènes préalablement identifiées (i.e. Quels sont les processus biologiques impactés par les conditions d’intérêt ?)
• Intégration de données génomiques multi-sources

Remarque : si le nombre d’étudiants/es est conséquent, des aménagements pédagogiques pourront être proposés prenant en compte les différences de parcours entre spécialisations à dominante « biologique » (BMC) versus « science de données ».
Une très large place sera donnée à la mise en œuvre d’un mini projet visant à répondre à une
question biologique à partir de l’analyse de données « omiques », Le mini-projet constituera au moins la moitié du volume horaire pour la/les spécialisations à dominante Biologique (SCMV voire autres comme SAED, SPV,…).

Forme pédagogique : cours, TD, projet 

Modalités d'évaluation :

Évaluation individuelle des connaissances (1h, sur table) + étude de cas en binôme (rapport 10 pages). 

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : S. Allais

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

Acquisition de connaissances et de compétences concernant l’amélioration génétique des espèces d’élevages.

Contenu de l'enseignement :

 L'enseignement est composé de 4 parties :

1. Les bases de la génétique quantitative
2. L’évaluation génétique et le progrès génétique
3. L'organisation de la sélection et le croisement
4. La sélection génomique

L’acquisition des connaissances théoriques est complétée par un TD (6h) permettant aux étudiants de prendre le rôle d’un éleveur sélectionneur de bovins allaitants. Une rencontre avec des professionnels est également prévue. 

Modalités d'évaluation :

Examen sur table

Volume horaire : 25.00 heures

Enseignant(s) responsable(s) : A.-L. Jacquot

Langue d'enseignement : Français

Objectifs :

L’enjeu de cette UC est de :

1. resituer les exploitations agricoles au sein des territoires et filières et de comprendre leur fonctionnement ;
2. développer une démarche d’analyse des systèmes étudiés afin d’identifier des pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle, de mettre en place de nouvelles pratiques et de les évaluer. 

Contenu de l'enseignement :

Cette UC s’appuie sur des apports théoriques disciplinaires visant à définir et illustrer l’agroécologie et l’écologie industrielle dans les productions animales mais aussi des apports méthodologiques (intervenants : A.-L. Jacquot, Y. Le Cozler, L. Montagne).

Ces apports permettront ensuite une mise en situation (illustrations par des cas d’études et mise en place de pratiques relevant de l’agroécologie et de l’écologie industrielle) (intervenantes : A.-L. Jacquot, L. Montagne). 

Modalités d'évaluation :

Projet avec présentation orale + examen écrit